Za sebe musím říct, že jsem takový počet kešek (nad 40) stahoval jednou nebo dvakrát za život, a to tehdy přímo v GCzII, a i tam byly asi po 35-40 keškách problémy s mapou.
Nejjednodušší řešení bude asi vlézt si v Downloaderu do nastavení, vypnout stahování map pro waypointy a z map pro kešky vyházet ty, které nepoužíváš (osobně mi stačí ty dvě "pinpoint" a pak případně nějaká klasická, kde je vidět, v které části města/lesa/apod je keška schovaná).
Vím, že to není moc uspokojivé řešení, ale jak říkám - může za to víc Google než já.